Depuis avril 2005, date de signature du premier protocole entre la Marine nationale, la Mutuelle nationale militaire et la CNMSS, la Caisse militaire a mis en place des actions de prévention contre la consommation de drogues et d’alcool. La CNMSS a depuis développé ce type de partenariat avec l'armée de Terre, l'armée de l'Air, la Gendarmerie nationale et la Direction générale de l'armement.

La CNMSS finance des séances d’information collectives et individuelles qui ont pour objectif de communiquer sur les consommations de produits psychoactifs et de développer la prise de conscience des risques personnels et professionnels liés à ces consommations.